Действие аниме переносит нас в атмосферу Европы XIX века, где наука достигла невиданных высот. Главный герой, юный студент Джон Уотсон, оказывается втянут в опасную игру разведки, становясь секретным агентом. Мир, в котором он оказывается, — это технократия, где промышленность переживает революцию благодаря научным открытиям. Гомункулы, созданные из мертвого тела и искусственной души, становятся неотъемлемой частью жизни, выполняя роль солдат и рабочей силы во всех сферах общества.

Джон Уотсон отправляется в Афганистан в качестве военного медика, но его миссия гораздо глубже. Он преследует цель раскрыть тайну, которая скрывается за появлением гомункулов и их влиянием на мир. В этом путешествии он сталкивается с опасностями, которые превышают его самые смелые фантазии. Каждый шаг к разгадке тайны приближает его к неизбежной схватке с силами, которые стремятся сохранить свое могущество любой ценой.

В этом мире, где наука и магия переплетаются, Джон Уотсон должен не только выжить, но и понять, какова истинная природа гомункулов и кем они на самом деле являются. Его путешествие становится не только борьбой за выживание, но и поиском ответов на вопросы, которые могут изменить судьбу всего человечества. Вместе с ним зрители окунаются в мир, где границы между реальностью и фантазией стираются, а тайны прошлого оказывают неожиданное влияние на настоящее.