Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах.

Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — [character=1960]Дайсукэ Мотомия[/character], [character=4166]Иори Хида[/character] и [character=4165]Мияко Иноуэ[/character]. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята отправляются в новое приключение. Им предстоит столкнуться с новыми угрозами и выяснить, как Император Дигимонов смог обрести такую власть.

В этом новом повороте сюжета, «избранные» должны не только сражаться с врагом, но и научиться понимать своих дигимонов, чтобы стать настоящими героями. Император Дигимонов не только угрожает цифровому миру, но и ставит под угрозу саму сущность дигимонов. Ребятам предстоит пройти через множество испытаний, чтобы спасти не только дигимонов, но и себя самих.