Прошло три года с момента завершения войны между жителями Джовии и Земли. Акито и Юрика считаются погибшими в катастрофе шаттла, произошедшей годом позже. Маленькая Рури Хосино продолжает служить на борту Надэсико, но теперь уже сама командует кораблем.

Успешное изучение бозоновых прыжков позволило начать реализацию «Плана Хисаго» — создание обширной сети порталов. Однако, если эта сеть попадет не в те руки, это может привести к катастрофе. Именно это и происходит, когда сеть внезапно захватывается террористической группировкой «Наследники Марса», возглавляемой бывшим офицером Джовии, который выступает от имени людей, недовольных исходом войны.

Для расследования ситуации и предотвращения катастрофы, старая команда Надэсико вновь собирается вместе и отправляется прямо в эпицентр событий. В пути они получают неожиданную помощь от нового союзника, что делает их миссию еще более сложной и опасной.