После того, как Nerv одержал победу над последним Ангелом, единственным оставшимся врагом становятся люди, которые подчиняются Seele. [character=89]Синдзи Икари[/character], опустошенный и нерешительный, оказывается перед сложным выбором: принять судьбу человечества или отказаться от своей человеческой индивидуальности. В то время как Синдзи борется со своими внутренними демонами, командующий Nerv [character=1257]Гэндо Икари[/character] готовится к реализации своего амбициозного проекта по совершенствованию человечества.

Гэндо планирует использовать [character=86]Рей Аянами[/character] и Лилит для достижения своей заветной мечты, что ставит под угрозу не только судьбу человечества, но и самого Синдзи. Рей, которая всегда была для Синдзи источником неоднозначных чувств, теперь становится ключевым элементом в планах Гэндо. Синдзи должен решить, стоит ли доверять своему отцу и принять его видение будущего или же противостоять ему, рискуя всем, что ему дорого.

Мир на грани катастрофы, и приближается решающая битва, которая определит судьбу всего человечества. [i]«Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона»[/i] предлагает альтернативный финал к противоречивым последним эпизодам [anime=30]«Евангелион нового поколения»[/anime], раскрывая новые слои характеров персонажей и предлагая зрителям задуматься о сути человеческой индивидуальности и судьбе всего мира.