Действие этого захватывающего аниме разворачивается в альтернативном мире, напоминающем феодальную Японию. Здесь множество маленьких государств, управляемых могущественными дайме, которые оказывают значительное влияние на жизнь общества. В каждом из этих государств таится секретная деревня, где живут ниндзя — невероятно талантливые воины, готовые защищать свою землю от любых угроз.

Главной фигурой в этих деревнях является Кагэ, который определяет роль и задачи каждого ниндзя. Эти воины играют ключевую роль в жизни государства, так как именно на них возлагаются задачи по защите населения и выполнению важных, хорошо оплачиваемых миссий, поручаемых влиятельными правителями. Уровень ниндзя определяется не только его навыками, но и теми силами, которыми он обладает.

События аниме начинаются за двенадцать лет до основного сюжета. Однажды на одну из таких скрытых деревень нападает могущественный демон-лис. Никто не мог противостоять его мощи, и тогда глава деревни принимает героическое решение: запечатать демона в теле своего новорожденного сына. Так маленький Наруто становится хранителем неуправляемой силы, которая делает его изгоем в собственной деревне. Несмотря на то, что его отец видел в нем героя, Наруто вынужден доказывать свою ценность через свои поступки, преодолевая множество испытаний и преград на пути к признанию.